A Fundação Santo André tem em sua estrutura administrativa conselhos deliberativos e consultivos que tratam da análise e acompanhamento das várias atividades desenvolvidas pelos diversos departamentos e nos níveis do ensino fundamental, ensino médio, da graduação e da pós-graduação. Eles são compostos por representantes da comunidade, de instituições públicas e representações de classe, do poder público e dos setores administrativo, docente e discente. São eles o Conselho Diretor, o Conselho Universitário, o Conselho Fiscal e os Conselhos de Faculdade.