O momento histórico de sua criação norteou seus princípios fundamentais. Nos seus regimentos e nas práticas cotidianas, o Colégio prevê instâncias de participação, valorizando a formação do aluno como protagonista político e social. Os alunos participam de conselhos, elegem periodicamente o Diretor do Colégio, bem como o Reitor da Fundação Santo André, participam do Grêmio, promovem e participam de debates e palestras sobre temas acadêmicos e atualidades etc. Enfim, em sala de aula e em múltiplos espaços do Centro Universitário e da sociedade, o aluno instrumentaliza-se para o mundo acadêmico e relaciona-se com conhecimentos contextualizados nos problemas do mundo contemporâneo.

O Colégio da FSA foi criado por um grupo de professores dos cursos de Licenciatura da Faculdade de Filosofia (FAFIL). Já na sua origem, a vocação de integração ao ensino superior se concretizava. Hoje, as parcerias com as graduações se estenderam para além da FAFIL, abrangendo FAECO e FAENG. Palestras, oficinas, minicursos e projetos são realizados envolvendo o Colégio e as graduações do Centro Universitário Fundação Santo André (Licenciaturas, Engenharia, Psicologia etc.) e, também, a Faculdade de Medicina do ABC.