A Fundação Santo André, instituição de caráter público e de direito privado, foi criada em 1962, por meio da Lei Municipal nº 1.840, da Prefeitura de Santo André. Sua finalidade foi manter a Faculdade de Ciências Econômicas e Administrativas (FAECO), também originada pelo Poder Público Municipal, em 1953. A FAECO foi a primeira escola de ensino superior da região do Grande ABC e teve suas atividades iniciadas nas instalações da Escola Técnica Júlio de Mesquita. Em 1966, a Prefeitura autorizou a instalação da segunda unidade a ser mantida pela Fundação: a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras (FAFIL).

No final da década de 80, a instituição criou sua escola de ensino médio, o Colégio da Fundação Santo André. Com proposta pedagógica fundamentada nos princípios de construção do conhecimento e instalado em campus universitário, nosso Colégio incentiva a integração com ambiente acadêmico.

O Centro de Pós-Graduação surgiu em 1990. Com cursos de Atualização, Especialização e MBA – Master Business Administration. O objetivo é atender as necessidades de capacitação profissional e contribuir para a formação de profissionais comprometidos com o bem-estar social.

No final dos anos 90, iniciou-se a transformação das faculdades isoladas, FAFIL e FAECO, em Centro Universitário, ocasião em que a terceira faculdade foi, também, criada, a Faculdade de Engenharia Celso Daniel – FAENG. Atualmente, a Fundação Santo André é mantenedora do Centro Universitário, que abriga as três faculdades e o colégio.