O arrombamento e a invasão por um grupo de alunos da FAFIL e de pessoas estranhas à comunidade universitária, na noite do dia 13 de setembro, deixou as instalações da Reitoria danificadas. Parede rachada, fechaduras arrombadas, portas destruídas, cadeiras, poltronas e mesas quebradas, além de gavetas e salas vasculhadas e transformadas em grande bagunça são o saldo da invasão. O registro fotográfico mostra os danos causados ao patrimônio da Fundação Santo André.
     A justificativa para a invasão seria um suposto aumento de até 126% em alguns cursos de graduação, o que na verdade nunca aconteceu e nem poderia acontecer, já que o Código de Defesa do Consumidor e a Legislação dirigida ao ensino jamais permitiriam aumentos de mensalidades nesses patamares absurdos. Qualquer fixação de valores, correção ou redução de mensalidades devem ser propostas pelas instâncias colegiadas e constantes da peça orçamentária a ser aprovada pelo Conselho Universitário e Conselho Diretor.
     O que de fato ocorreu foi o encaminhamento à direção da faculdade de análise financeira preliminar dos projetos de oferecimento de cursos exclusivamente para os ingressantes em 2008 (calouros) com base no Projeto de Oferecimento de Curso (POC), de autoria dos Colegiados de Cursos. Ao encaminhar as análises, a Pró-Reitoria de Administração e Planejamento (PROAP) evidencia que “tratam-se de estudos preliminares” e destaca que os documentos estavam sendo encaminhados para “análise, considerações e, ou, revisões do POC, com o objetivo de juntos encontrarmos a menor mensalidade possível a ser praticada”. Fica evidente a preocupação do Pró-Reitor em salientar que as propostas e valores não são definitivos, portanto sujeitos à revisão. Ao encaminhar as análises, a PROAP cumpre o seu papel estatutário de desenhar cenários possíveis para o orçamento anual.
     Durante todo o período de invasão, funcionários da Fundação Santo André mantiveram contato com os manifestantes com o objetivo de estabelecer um diálogo, o que foi de pronto recusado pelos líderes do movimento, sob o argumento de que “não tem conversa, quem manda aqui somo nós” para que fosse levado como recado para o Reitor. Esse esforço para o diálogo continuou e foi mantido pelos policiais, que também não tiveram sucesso. Durante esse processo de negociação, o oficial da PM responsável propôs a formação de uma comissão composta por quatro policiais para vistoriar o local, deixando claro aos manifestantes que diante da constatação da inexistência de danos nas dependências da Reitoria, não haveria razões para eventual ação policial, o que foi recusado novamente.
     Esgotadas as tentativas de diálogo, a Polícia Militar adotou os procedimentos para a desocupação do imóvel, quando houve resistência por parte dos manifestantes. No registro policial foi observado que apenas uma das pessoas envolvidas aceitou passar por perícia médica e oito pessoas foram ouvidas e depois dispensadas.

Além da destruição e bagunça, gavetas foram vasculhadas